Llyod's Register Quality Assurance menganugerahkan Sijil ISO 9002 kepada JLSM bagi sistem-sistem berikut :-

TAHUN 2000

* Sistem Perakuan Pelaut ( Ibu Pejabat dan Wilayah Tengah )
* Sistem Pemaliman ( Seluruh Perairan Semenanjung Malaysia )

TAHUN 2001

* Sistem Pendaftaran Kapal ( 4 Pejabat Pendaftar Kapal )
* Sistem Perakuan Pelaut ( 25 Pejabat Pelabuhan ) :-
                                                                  16 Semenanjung
                                                                    3 Sabah
                                                                    1 WP Labuan
                                                                    5 Sarawak